收入的确认
　　(一)个人股东股权转让收入的范围
　　《个人所得税法实施条例》(以下简称《实施条例》)第十条规定，个人股东股权转让收入是指个人股东就转让的股权所收取的全部价款，包括现金、非货币资产或者权益等形式的经济利益，以其实际成交价为股权转让价。股权转让对价为实物的，应当按照取得凭证上所注明的价格计算,但凭证上的价格明显偏低或者无凭证的，由主管税务机关参照当地的市场价格核定应纳税所得额。股权转让对价为有价证券的，由主管税务机关根据票面价格和市场价格核定。如果在股权转让过程中，由于受让方没有按照约定的时间向转让方支付转让价款，而向转让方支付了部分违约金，那么转让方取得的违约金是否属于股权转让收入的范围?根据国家税务总局《关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》(国税函[2006]866号)的规定，该项违约金应该属于股权转让收入。
　　(二)个人转让股权的定价
　　个人转让股权在定价上也应该遵循独立交易的原则。国家税务总局《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》(国税函[2009]285号，以下简称国税函[2009]285)中规定“对申报的计税依据明显偏低(如平价和低价转让等)且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定”。但是国税函[2009]285并没有具体指出什么是计税依据偏低，什么是无正当理由。为了解决这个问题，国家税务总局在2010年年末发布了《关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》(国家税务总局公告2010年第27号，以下简称》《公告》)。
　　《公告》规定，计税依据明显偏低且无正当理由的是指：申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的;申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的;申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的;经主管税务机关认定的其他情形。计税依据偏低有正当理由是指所投资企业连续三年以上(含三年)亏损;因国家政策调整的原因而低价转让股权;将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;经主管税务机关认定的其他合理情形。
　　《公告》同时也对有正当理由的价格偏低作出了解释，便于在实际中去操作。第一种是出现了连续的亏损，亏损情况的出现可能会使所有者权益类科目出现借方余额，即所有者权益或者说是净资产是负数。净资产是负数会使得股权再次转让时很可能出现转让价格低于初始的投资成本的情况。第二种是国家的政策变动造成的，例如国家的产业结构调整，城市政府的市政规划等。第三种是转让给个人之间法律上的“关联方”，即有亲属关系或者抚养赡养关系的人。
　　《公告》规定，对于计税依据明显偏低且无正当理由的税务机关可以采用核定的办法征税：(1)参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。(2)参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。(3)参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。(4)纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。

　　应纳税所得额的确认
　　《个人所得税法》第六条规定，财产转让所得以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。《实施条例》第十九条和第二十条进一步解释，有价证券的财产原值是指为买入价以及买入时按照规定交纳的有关费用;合理费用是指卖出财产时按照规定支付的有关费用。
　　股权转让时的计税成本是指个人股东投资入股时向企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让价金额。个人股东部分转让所持有的股权的，转让股权的计税成本按转让比例确定，即：转让部分股权的计税成本=全部股权的计税成本×转让比例。
　　有的新股东不想处理以前原股东经营时的债权债务关系，为了解决此问题，国家税务总局《关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》(国税函[2007]244号)规定，在股权转让协议中约定，原股东以承受股权转让之前的债权债务的，原股东承担的债务可以作为成本在税前扣除;收回的债权相当于冲减了成本，增加应纳税所得。

　　适用税率
　　自然人股东转让股权应纳的个人所得税取得的所得按照“财产转让所得”项目缴税，适用20%的比例税率。